นักรบหญิงที่พลัดพรากจากดินแดนรกร้างเริ่มสังเกตเห็นข้อบกพร่องในส่วนหน้าใหม่ของสังคมยูโทเปีย “Appleseed” ซึ่งสร้างขึ้นหลังสงครามโลกครั้งที่สาม นอกจากนี้ ชุมชนนี้มีแผนอย่างไรสำหรับมนุษยชาติโดยรวม? Deunan Knute ทหารหนุ่มและเป็นหนึ่งในผู้รอดชีวิตจากสงครามโลกคนสุดท้าย ได้รับการช่วยเหลือจาก “คนจักรกลสงคราม ล้างพันธุ์อนาคต” ไบโอรอยด์รุ่นที่สอง ความพยายามของ Knute ในการหลบหนีถูกขัดขวางโดย Briareos Hecatonchires
อดีตคู่รักของเธอที่ตอนนี้เป็นหุ่นยนต์ เธอตระหนักว่าสงครามได้เกิดขึ้น สิ้นสุดลงและเธออยู่ในเมืองยูโทเปียแห่งโอลิมปัส ครึ่งหนึ่งของประชากรของไบโอรอยด์ ซึ่งเป็นสายพันธุ์ดัดแปลงพันธุกรรม เป็นมนุษย์และครึ่งหนึ่งถูกโคลนนิ่ง
โอลิมปัสถูกควบคุมโดยสามฝ่าย: พรีเมียร์, Athena Areios; นายพลเอ็ดเวิร์ด ยูเรนัสที่ 3 ผู้บัญชาการกองทัพโอลิมปัส และสภาผู้สูงอายุ ปัญญาประดิษฐ์ที่รู้จักกันในชื่อ Gaia เฝ้าติดตามเมืองจาก Tartaros ซึ่งเป็นอาคารแห่งหนึ่ง ขณะที่เธออยู่ที่นั่น
Deunan เข้าร่วมองค์กร ESWAT ซึ่งต่อสู้กับการก่อการร้าย เพราะพวกเขาถูกสร้างขึ้นด้วย DNA ของ Carl พ่อผู้ล่วงลับของ Deunan ไบโอรอยด์รุ่นที่สองเป็นพี่น้องของเธอ อย่างไรก็ตาม พวกมันมีชีวิตที่สั้นกว่ามนุษย์มากเนื่องจากไม่สามารถสืบพันธุ์ได้
กลุ่มลับของกองทัพบกได้ทำลายสิ่งอำนวยความสะดวกในการยืดอายุของไบโอรอยด์ในการโจมตีของผู้ก่อการร้ายที่ไบโอรอยด์ อย่างไรก็ตาม ข้อมูล Appleseed ยังคงสามารถเข้าถึงได้ ซึ่งมีข้อมูลเกี่ยวกับการเริ่มต้นการทำสำเนาของไบโอรอยด์